Meitantei Conan Shinichi Kudou, seorang siswa SMA yang dikenal jenius dalam memecahkan kasus-kasus kriminal, telah menyelesaikan berbagai misteri sulit dengan kemampuannya sebagai detektif muda. Suatu hari, ia melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan untuk menguntit mereka. Tanpa sengaja, ia malah menyaksikan aktivitas ilegal yang berbahaya. Sialnya, ia tertangkap basah dan dipaksa menelan obat eksperimen milik organisasi kriminal misterius, yang dirancang untuk membunuhnya.
Namun, alih-alih mati, Shinichi justru terbangun dalam tubuh anak kecil berusia tujuh tahun. Meski fisiknya berubah, kejeniusannya tetap utuh. Untuk menyembunyikan identitas aslinya, bahkan dari sahabat masa kecilnya, Ran Mouri, dan ayahnya yang seorang detektif swasta, Kogorou Mouri, Shinichi memakai nama samaran Conan Edogawa—terinspirasi dari penulis detektif terkenal Arthur Conan Doyle dan Edogawa Ranpo.
Sebagai Conan, ia diam-diam membantu memecahkan kasus-kasus yang ditangani Kogorou dengan kecerdasannya, sambil terus menyelidiki organisasi misterius yang telah mengubah hidupnya, dengan harapan bisa menemukan penawar dan kembali ke tubuh aslinya suatu hari nanti.
